Le monastère fut construit entre le Xème et le XIIème siècles.

La fondation fut tracée sous le règne d’Abas Bagratouni, à l’emplacement d’un petit village du IVème siècle du nom de Haghpat. L’église principale Sourp Nshan a été construite sur l’ordre de la reine Khosrovanouch, pour assurer la longévité et la prospérité de ses fils. Elle fut achevée plus tard par ces mêmes fils, les rois Smbat II et Gourgen Ier.

Le monastère fut mis à sac et reconstruit plusieurs fois durant les invasions Mongols, avant d’être de nouveau saccagé par les légions de Timur.

Par la suite, grâce à une paix durable qui s’institua alors, le monastère constitua un grand centre intellectuel de l’Arménie, en particulier entre 1759 et 1795. Il a finalement été restauré une énième fois durant l’époque soviétique pour donner la forme qu’on lui connait aujourd’hui.

Depuis 1996 le site est classé sur la liste du patrimoine mondial de l’UNESCO.