L’histoire de Hovhanavank remonte, selon l’historien du XVIIème siècle Zakaria Kanakertsi, à la christianisation de l’Arménie au courant du IVème siècle. Saint Grégoire l’Illuminateur aurait fait construire l’église Sourp Karapet afin d’abriter des reliques de saint Jean-Baptiste.

L’église connaît une première restauration en 553. L’essentiel du monastère date cependant de la période zakaride : au XIIIème siècle, les princes Vatchoutian érigent le Katoghike et le gavit, et dotent le monastère de fortifications.

En 1679, le monastère est endommagé par un premier séisme, puis un second en 1918.

Le monument est restauré durant huit ans à partir de 1982, malgré les dommages causés par le tremblement de terre de 1988, jusqu’à la chute de l’Union soviétique, par une organisation arménienne qui récoltait des dons de la diaspora.

Après l’inventoriage de chaque pierre, le monastère a finalement pu retrouver sa forme originale, son clocher et son entrée. En 1991, les travaux sont arrêtés et le monastère laissé en l’état. La restauration a repris en 1999.